Veľký kancelár KU má výsadné postavenie v akademickej samospráve KU.

Akademický senát je najvyšším orgánom akademickej samosprávy KU. Každú fakultu univerzity zastupujú šiesti členovia akademickej obce fakulty, z toho dvaja študenti a štyria z radov vysokoškolských učiteľov alebo výskumných pracovníkov KU.

Rektor KU je štatutárnym orgánom KU, riadi ju, koná v jej mene a zastupuje ju navonok. Za svoju činnosť sa zodpovedá Akademickému senátu KU.

Vedecká rada je zložená z významných odborníkov z oblastí, v ktorých KU uskutočňuje vzdelávaciu, výskumní, vývojovú, umeleckú alebo ďalšiu tvorivú činnosť.

Cieľom Správnej rady KU je posilňovať väzby KU a spoločnosti. Uplatňuje a presadzuje verejný záujem a záujem zriaďovateľa, najmä pri využívaní majetku a financii zverených do správy KU zo strany štátu a Katolíckej cirkvi.

Kvestor je stálym zástupcom rektora pre hospodárske a administratívne záležitosti. Zabezpečuje a zodpovedá za hospodársky a prevádzkový chod univerzity.