Študoval filozofiu a teológiu na viacerých miestach, napríklad v Ružomberku, v Trnave a v Brne. Neskôr bol po likvidácií kláštorov intervenovaný v Jasove, Podolínci a Pezinku. Tajnú kňazskú vysviacku prijal 1. októbra 1950 a odišiel do civilného života. O rok neskôr ho biskup Pavol Hnilica tajne vysvätil na biskupa.

Do roku 1960 pracoval ako robotník a tajne vykonával biskupskú službu. Neskôr ho odsúdili na 12 rokov pre vlastizradu a uväznili v Prahe, Pankráci, Ruzyni a Valdiciach.

Po prepustení sa opäť zapojil do náboženského života. Pracoval ako robotník, naposledy ako opravár výťahov v Bratislave-Petržalke. V roku 1990 pôsobil ako rektor Kňazského seminára v Bratislave. V tom istom roku bol menovaný za nitrianskeho diecézneho biskupa, v roku 1991 za kardinála.

J. Em. Ján Chyzostom kardinál Korec zomrel 24. októbra 2015 vo veku 91 rokov.