Pád komunistického režimu v roku 1989 priniesol pre cirkev slobodu, ktorá jej poskytla možnosti budovať a obnovovať inštitúcie, a to aj v oblasti vzdelávania. Zodpovednosť za obnovenie katolíckeho školstva zobral na seba biskup Mons. František Tondra, ktorý najprv podnikol kroky na obnovenie spišského seminára pre bohoslovcov Spišskej, Košickej a Rožňavskej diecézy. V tomto ovzduší sa postupne formovala aj myšlienka zriadenia katolíckej univerzity. Cesta k jej vzniku vyžadovala spoluprácu biskupov, politikov, samospráv i verejnosti zapojenej do tohto procesu.  Už v roku 1993 uskutočnili rokovania medzi predstaviteľmi rímskokatolíckej cirkvi, akademickej obce a mesta Ružomberok. Tie vyvrcholili 7. mája 1993 stretnutím predstaviteľov mesta s biskupom Mons. prof. ThDr. Františkom Tondrom a s vysokými predstaviteľmi akademickej.

Po rôznych prekážkach bola 29. júna 1995 v Trnave podpísaná Zriaďovacia listina pre Pedagogický inštitút sv. Ondreja TU v Ružomberku. Slávnostná výmena listín medzi KBS a TU sa uskutočnila v ten istý deň v kaštieli v Dolnej Krupej s tým, že PI sv. Ondreja sa zriaďuje k 1. júlu 1995. Za KBS sa na slávnostnom akte zúčastnili jej predseda a banskobystrický biskupi Mons. Rudolf Baláž a Mons. prof. ThDr. František Tondra.

Krátko po zriadení KU v Ružomberku, Mons. prof. ThDr. František Tondra, poveril ďalších kňazov pastoračnou starostlivosťou o študentov KU v Ružomberku.  1. novembra 2002 zriaďovacou listinou zriadil spišský diecézny biskup, Mons. prof. ThDr. František Tondra, Univerzitné pastoračné centrum biskupa Jána Vojtaššáka so sídlom v Ružomberku (UPaC).